انبار یا هر جایی که عسل در آن نگهداری می¬شود باید پاکیزه و به راحتی قابل تمیز شدن باشد، و در دسترس حشرات، جانوران و یا آلودگی¬های نظیر گرد و خاک نباشد. دمای انبار و طول مدت نگهداری نیز بر کیفیت عسل تأثیر می¬گذارد. اگر عسل را بعد از بسته¬بندی نهایی در دمای 22 تا 25 درجه سانتی¬گراد انبار کنیم تغییرات آن در سطح قابل قبول بوده و موجب از بین رفتن رنگ، طعم و آنزیم¬های عسل خواهد شد. عسلی که مرحله نهایی(حرارت) را نگذرانده است باید در دمای کمتر از 10 درجه سانتی¬گراد نگهداری شود. انجام این کار روی رنگ، عطر و طعم عسل حتی پس از سال¬ها هیچ تأثیری نخواهد گذاشت. بهترین دما برای نگهداری عسل 7 الی 12 درجه سانتی¬گراد می¬باشد.
عسل خیلی زود بوهای خارجی را به خود جذب می¬کند بنابراین نباید آن را نزدیک موادی مانند: پارافین، قیر، بنزین و ماهی¬های دودی نگهداری نمود.
از آنجایی که عسل شدیداً جاذب الرطوبه است بنابراین در هر جا که نگهداری می¬شود اعم از جاهای مرطوب، خشک، داخل یخچال و قفسه¬ها باید فقط در ظرف سر بسته با سرپوش محکم باشد.
برخلاف اغلب مواد غذایی عسل را می¬توان برای مدت نامحدودی نگهداری نمود. عسل طبیعی بسته¬بندی شده در اثر گذشت زمان کمی از نظر طعم تندتر و از نظر رنگ تیره¬تر می¬شود، اما کیفیت آن در صورتی که در معرض هوا قرار نگیرد تغییری نخواهد کرد.
نگهداری عسل به مدت طولانی، روی ترکیبات آن اثرات زیادی می¬گذارد،